Jezuici byli traktowani przez komunistyczną bezpiekę jako najniebezpieczniejszy z krakowskich zakonów. Kilkunastu z nich aresztowano, wielu represjonowano sądownie, kilkudziesięciu inwigilowano, uznając za realne zagrożenie dla reżimu.
Domniemany „pułkownik Bem”
Jednym z represjonowanych w czasach PRL duchownych był o. Janusz Emanuel Werner SJ – katecheta i rekolekcjonista. Bezpieka zwróciła na niego uwagę wiosną 1953 r., gdy w czasie rekolekcji w Olkuszu ostrzegał wiernych przed karą Bożą, która może spaść na niewierzących. Zamierzano go wówczas przesłuchać i tym sposobem zastraszyć. Wkrótce jednak funkcjonariusze krakowskiego UB zdobyli informacje, które pozwoliły na wciągnięcie o. Wernera w znacznie poważniejszą sprawę. Latem 1953 r. dowiedzieli się, że jego wychowankowie z Liceum św. Jacka w Krakowie założyli „Polską Armię Kontrkomunistyczną” (PAKK). Przesłuchiwani chłopcy zeznali, że o. Werner miał być rzekomo inspiratorem założenia organizacji i działać w niej pod ps. „pułkownik Bem”. Początkowo ubowcy chcieli aresztować kapłana, ale szef WUBP w Krakowie – Grzegorz Łanin – stanął jednak na stanowisku, że o. Wernera należy raczej wykorzystać operacyjnie, a nie aresztować. W wypadku, gdyby to do skutku nie doszło, dopiero go aresztować. W kolejnych miesiącach usiłowano więc zwerbować duchownego do współpracy z UB, jednocześnie był rozpracowywany przez informatora ps. „Wiewiórka” (czyli Mieczysława Reczyńskiego; znał o. Wernera jeszcze sprzed wojny, gdy był ministrantem) oraz agenta „Maria” (czyli Leszka Czumę – jednego z członków PAKK).
Wiele wskazuje na to, że podczas werbunku ubowcy chcieli zaszantażować duchownego, dając mu wybór – współpraca albo wyrok za działalność w podziemnej organizacji. Planowano go aresztować w marcu 1954 r. i po wstępnych przesłuchaniach – które miały go przestraszyć – podjąć próbę werbunku. Okazało się jednak, że duchowny wyjechał z Krakowa, by prowadzić rekolekcje. Ubowcy zwrócili się więc do prowincjała o. Wojciecha Krupy z żądaniem wskazania miejsca pobytu o. Wernera. Prowincjał odważnie odmówił udzielenia informacji o swym współbracie.
Ostatecznie o. Wernera aresztowano miesiąc później w Rudzie Śląskiej i przesłuchano w Katowicach, nazywanych wówczas Stalinogrodem, a później przewieziono do Krakowa. Tu na przełomie kwietnia i maja nadal go przesłuchiwano. Jezuita konsekwentnie zaprzeczał, by miał jakiś związek z młodzieżową organizacją konspiracyjną. Po kilkunastu dniach został zwolniony, jednak funkcjonariusze zapraszali go na spotkania w jednym ze swoich tzw. lokali kontaktowych. O. Werner przychodził na nie, zgodnie z żądaniami funkcjonariuszy, bez koloratki – po cywilnemu – jak pisali ubowcy. Sądził, że rozmowy z funkcjonariuszami służą wyjaśnieniu sytuacji, w której się znalazł. Natomiast z perspektywy UB były one elementem stopniowego wciągania jezuity do współpracy. Werbunek planowali przeprowadzić w czerwcu 1954 r. Nie doszło jednak do realizacji tych planów, bowiem o. Werener wyjechał do Opola – początkowo na zastępstwo za jednego z urlopowanych współbraci, a następnie został tam przeniesiony na stałe. Funkcjonariusze UB pisali wówczas: zachodzi (…) przypuszczenie, że usunięcie jego z Krakowa nastąpiło na skutek tego, iż zdradził on wobec przełożonych treść przeprowadzonych z nim rozmów. Podjęli więc decyzję o ponownym aresztowaniu kapłana.
Nie kijem, to pałką
Ujęto go w grudniu 1954 r. w Opolu. Został poddany stosunkowo długiemu śledztwu, które prowadzono w Krakowie. Funkcjonariusze UB stawiali sobie za cel udowodnienie o. Wernerowi inspirowania młodzieży do założenia PAKK. Gromadzono kolejne zeznania, które miały potwierdzać jego rolę w powstaniu organizacji, jednak duchowny konsekwentnie odrzucał to oskarżenie. Przyznawał się jedynie do tego, że wiedział o tym, iż organizacja istnieje, potwierdzał także, że udostępnił chłopcom pomieszczenie na jedno z zebrań. Ubowcy jednak nie ustępowali. Nie wiadomo, czy ich determinacja wynikała z dążenia do przeprowadzenia kolejnego głośnego procesu – na podobieństwo rozprawy z 1949 r., w czasie której na śmierć skazano jezuitę o. Władysława Gurgacza, czy z faktu, że o. Werner w latach 1943-1945 był kapelanem lwowskiej AK; czy może była efektem jego jednoznacznie negatywnego stosunku do „ludowej” Polski.
W charakterystyce sporządzonej przez Referat ds. Wyznań przy Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krakowie podkreślono np.: między innymi w wyniku oddziaływania ks. Wernera na młodzież na terenie II Lic[eum] i Gim[nazjum] miały miejsce takie wypadki jak usiłowania ze strony młodzieży, aby nie dopuścić czerwonych sztandarów na cmentarz w czasie pogrzebu Kuratora OSK Wyspiańskiego oraz manifestacyjne przytupywanie w czasie śpiewania Międzynarodówki podczas okolicznościowych uroczystości.
Wobec bezsilności w kwestii PAKK usiłowano wykorzystać inne „zaczepki”. Ubowcy podkreślali: Znalezione u ks. Wernera w czasie rewizji materiały i notatki z kazań były w marcu kontrolowane przez Urząd Kontroli Prasy w Krakowie. Otrzymane z tego Urzędu orzeczenie mocno podbuduje sprawę, z uwagi na to, że zakwestionowane materiały a szczególnie notatki z kazań mają charakter antyrządowy i antykomunistyczny. Ostatecznie o. Werner został w listopadzie 1955 r., wyrokiem Sądu Wojewódzkiego w Krakowie, skazany na 5 lat i 4 miesiące więzienia. Wkrótce jednak, bo już w maju 1956 r., na mocy amnestii zwolniono go. Był następnie kaznodzieją w Opolu, katechetą w Gliwicach i superiorem w Bytomiu. O. Werner to jeden z wielu katolickich duchownych, którzy więzieniem płacili za sprzeciw wobec bezbożnego materializmu.
