Ten kościół jest świętą ziemią nie tylko dla ludzi w Warszawie i w Polsce, ale dla wszystkich mężczyzn i kobiet wierzących, którzy znali księdza Jerzego. Edward Kennedy, senator USA, wpis do Księgi Pamiątkowej (22 czerwca 1987 r.)
Siła i moc ognia zaczyna się od jednej, małej iskry. Ona, często niezauważalna ludzkim okiem, potrafi wywołać pożar pochłaniający wszystko, co napotka na swojej drodze. Tak w wielkim skrócie można opisać historię warszawskiego sanktuarium w dzielnicy Żoliborz.
Początek istnienia parafii datuje się na rok 1927, kiedy to kardynał Aleksander Kakowski, ówczesny Prymas Królestwa Polskiego, erygował kościół pw. św. Stanisława Kostki. Świątynię budowano w trudnym okresie międzywojennym. Przetrwała ona II wojnę światową, ale uległa znacznym zniszczeniom w czasie Powstania Warszawskiego i walk o Żoliborz. Wówczas w podziemiach kościoła mieścił się punkt szpitalny dla powstańców.
Konsekracji nowo wybudowanej świątyni dokonał w 1963 r. kardynał Stefan Wyszyński. W mensie ołtarza umieścił relikwie dwóch wielkich polskich męczenników: św. Stanisława Biskupa oraz św. Andrzeja Boboli. Po trzech latach w tym samym miejscu Prymas rozpoczął obchody Tysiąclecia Chrztu Polski w Archidiecezji Warszawskiej.
Wśród wielu proboszczów na Żoliborzu wyróżnia się postać wielkiego patrioty, kapelana Armii Krajowej, ks. prałata Teofila Boguckiego, który sprawował pieczę nad tą parafią w latach 1974-1987. To właśnie ten kapłan zainicjował w parafii Msze św. w intencji Ojczyzny, a w ten sposób niejako „pokierował” drogą życia ks. Jerzego Popiełuszki. Był także głównym pomysłodawcą Ściany Poległych, na której umieścił pamiątkowe tablice przypominające nazwiska osób walczących o wolność, szczególnie w czasie wojny. Jego doczesne szczątki spoczywają w grobie nieopodal grobu jego rezydenta, dziś błogosławionego.
Kościół pw. św. Stanisława Kostki nie byłby jednak tym, czym jest dzisiaj, gdyby nie Ksiądz Jerzy i jego działalność religijno-patriotyczna. Był on człowiekiem wielkiej dobroci. Wrażliwy na krzywdę i cierpienie ludzi uczył, że tym, co najbardziej niszczy człowieka „od środka”, jest nienawiść i kłamstwo. Własnym przykładem podkreślał rangę świadectwa. Niech na co dzień towarzyszy nam świadomość, że żądając od innych prawdy, sami musimy żyć prawdą. Żądając sprawiedliwości, sami musimy być sprawiedliwi – mówił podczas kazania 27 V 1984 r.
Ksiądz Jerzy został brutalnie zamordowany 19 X 1984 r. przez funkcjonariuszy komunistycznej SB. Jego ciało wyłowione z Wisły zostało pogrzebane na terenie przykościelnym, nieopodal głównego wejścia do świątyni.
Sam grób ma symboliczną wymowę. Obok znajduje się duże drzewo, na którym została umieszczona figura cierpiącego Chrystusa, przywołując popularne sformułowanie odnoszące się do Księdza Jerzego: Tyś jak Chrystus umęczony, często wykorzystywane jako motyw w pieśniach i poezjach. Mogiła ma kształt kurhanu, na którym drewniany krzyż – umieszczony tam w czasie pogrzebu w listopadzie 1984 r. – zastąpiła duża, granitowa płyta nagrobna. Wokół rozrzucone są kamienie – polne głazy połączone żelaznym łańcuchem. Spoglądając na grób błogosławionego Księdza Jerzego z lotu ptaka, widać wyraźnie, że całość układa się w kształt różańca na tle konturów mapy Polski. Krzyż nagrobny i łącznik na kształt Orła Białego w koronie i z Matką Bożą Częstochowską na piersi są elementami składowymi tego niezwykłego, plastycznego przedstawienia życia Księdza Jerzego.
W ciągu 31 lat od śmierci kapłana grób nawiedziło wiele milionów ludzi z całego świata. Ludzie wierzący przybywają prosić Księdza Jerzego o wstawiennictwo w intencjach Ojczyzny oraz w sprawach osobistych. Niewierzący oraz wyznawcy innych religii odwiedzają grób tego, który jest symbolem wolności i walki o godność każdego człowieka. Najznamienitszym gościem, który przybył tu z pielgrzymką, w 1987 r., był papież Jan Paweł II.
Nie tylko grób Męczennika w tym miejscu przypomina jego posługę oddaną Bogu i Kościołowi. Przed wejściem na plebanię – dziś w jego dawnym mieszkaniu znajduje się Ośrodek Dokumentacji Życia i Kultu błogosławionego Księdza Jerzego – została umieszczona figura ks. Popiełuszki oraz dzwon „Jerzy”, którego „serce” bije w czasie najważniejszych wydarzeń związanych z Męczennikiem.
Od października 2004 r., w którym obchodziliśmy 20. rocznicę śmierci Księdza Jerzego, w podziemiach kościoła św. Stanisława Kostki można również nawiedzać multimedialne muzeum poświęcone kapłanowi. Powstało ono dzięki ofiarnej pracy i zaangażowaniu wielu osób, które pragnęły przybliżyć pielgrzymom, zwłaszcza młodym, postać i czasy kapelana „Solidarności”. Wśród najcenniejszych zgromadzonych tam pamiątek można wyróżnić kołyskę z domu państwa Popiełuszków, rzeczy osobiste Męczennika oraz sutannę, w której został zamordowany.
Wejście do muzeum to otwór w kształcie krzyża, bo – jak pisał Cyprian Kamil Norwid – krzyż stał się nam bramą. Znajduje się też tam naturalnej wielkości zdjęcie ks. Jerzego, który w progach swego mieszkania jakby wita przybywających.
Zwiedzając muzeum, najpierw przechodzi się przez salę pt. W cieniu PRL-u, a następnie przez pierwowzór izby z rodzinnego domu. Kolejne pomieszczenia przypominają najważniejsze wydarzenia z życia polskiego błogosławionego: seminarium duchowne, służbę wojskową, święcenia kapłańskie i pracę duszpasterską, Msze św. za Ojczyznę, mroczny stan wojenny, męczeństwo i pogrzeb – ogromną manifestację wiary i polskości narodu, który dzięki Księdzu Jerzemu tamtego dnia „przestał się bać”.
Ostatnia sala to tajemnica zwycięstwa Boga, który żyje i zwycięża w swoich świętych. To tryumf dobra nad złem oraz ukazanie chwały Męczennika, który „oddał życie za nas wszystkich” (por. Jan Paweł II, Włocławek, 7 VI 1991 r.). Z takim przekonaniem pielgrzym opuszcza muzeum poświęcone pamięci ks. Jerzego Popiełuszki. Prawda zwyciężyła kłamstwo, miłość pokonała nienawiść – jak w Zmartwychwstaniu Chrystusa.
