W małej apsydzie północnej nawy świątyni znajduje się ołtarz dedykowany św. Andrzejowi Boboli (1591-1657), niestrudzonemu jezuickiemu apostołowi Pińszczyzny, który swą pracą zyskał przydomek duszochwata i poniósł okrutną śmierć męczeńską z rąk Kozaków w Janowie Poleskim.
Ołtarz tego męczennika jest jednym z sześciu, które zdobią boczne nawy jezuickiej świątyni Najświętszego Serca Jezusowego w Krakowie. Dedykacje (tytuły) poszczególnych ołtarzy ustalono podczas konsulty (narady zakonników), odbytej 29 VII 1918 roku. Ich wykonanie zlecono młodemu, utalentowanemu krakowskiemu artyście Karolowi Hukanowi. Rzeźbiarz, zaraz po powrocie z wyprawy artystycznej do Włoch, przystąpił w grudniu 1926 r. do pracy nad ołtarzem bł. Andrzeja Boboli (wówczas jeszcze był błogosławiony). Artysta zabrał się energicznie do dzieła i już 11 II 1927 r. gipsowy model ołtarza był gotowy. Cały rok trwały prace w świątyni nad powstaniem ołtarza. Artystę wspierał przy nich sztukator Jan Okład. W marcu 1928 r. dzieło zostało ukończone. W dwa miesiące później, 16 maja – w liturgiczną uroczystość bł. Andrzeja Boboli – ołtarz został poświęcony.
Ołtarz usytuowany w pobliżu chóru muzycznego zachwyca ciekawym układem kompozycyjnym postaci, zrealizowanym w stylu art deco. Harmonizuje on doskonale z pozostałymi dziełami tego artysty, jakie wykonał dla tej świątyni.
Jezuicki męczennik został ukazany – nie jak zazwyczaj przedstawia się go w ikonografii, w scenie męczeństwa – lecz w chwale nieba. W centrum ołtarza widzimy postawnego mężczyznę w postaci frontalnej, dojrzałego wiekiem zakonnika i kapłana, ubranego w tradycyjną jezuicką sutannę. Otacza go ośmiu aniołów unoszących się nad skłębionymi obłokami. Męczennik ma ostre rysy twarzy, sarmacki wąs, surowe oblicze, a otwartymi oczyma spogląda w dal. Za jego głową widnieje okrągła aureola, będąca oznaką świętości. Kapłan ubrany jest w lekko pofałdowaną suknię jezuicką z szerokim pasem, którego końce opadają pośrodku postaci i są zakończone swobodnie zwisającymi frędzlami. U jego boku na pasie wisi długi różaniec z owalnym medalikiem. Andrzej Bobola w prawej dłoni trzyma krzyż, który przykłada do serca, a lewą dłonią mocniej go przyciska, wyrażając w ten sposób szczególne umiłowanie krzyża Zbawiciela.
Dwaj aniołowie, wielkością porównywalni do wzrostu zakonnika, usytuowani symetrycznie przy nim, eksponują dwa znaczące symbole. Jeden dzierży dużą palmę – symbol męczeństwa -sięgającą niemalże aureoli głównej postaci, a drugi trzyma wysoko płonącą pochodnię – symbol życia wiecznego. Aniołowie mają zwiewne i mocno pofałdowane szaty oraz szeroko rozpostarte, duże skrzydła. Męczennika otacza dynamiczna półkolista przestrzeń, przypominająca rozwianą pelerynę lub targany wiatrem jezuicki płaszcz profeski. Przestrzeń ponad głową Andrzeja Boboli została równie ciekawie zaprojektowana. Tworzą ją splecione z sobą skrzydła anielskie oraz małe postacie czterech aniołków – putt – unoszących się w obłokach pośród splecionych szarf.
Dziewięciofigurowy ołtarz charakteryzuje się niezwykłym dynamizmem i ciekawą kompozycją, skupiającą uwagę na postaci męczennika ukazanego pośród aniołów w chwale nieba. Antependium (z łac. ante-pendere –wisieć przed) jest wykonane z kolorowego stiuku. Na nim znajduje się wpisany w okrąg polski herb szlachecki Leliwa, którym posługiwała się również rodzina Bobolów. Herb przedstawia złoty odwrócony do góry rogami księżyc oraz sześcioramienną złotą gwiazdę, które są umieszczone na błękitnym polu.
Andrzeja Bobolę, jezuitę i męczennika wyniósł do chwały błogosławionych papież Pius IX dnia 30 X 1853 roku. Stało się to ku wielkiej radości gnębionego przez zaborców narodu polskiego. Beatyfikacja ta bardzo ożywiła kult męczennika, ale jego ciało odzyskał dopiero papież Pius XI w 1923 r. w zamian za pomoc żywnościową okazaną przez Watykan głodującym ludom Związku Sowieckiego. Relikwia została przewieziona przez misję papieską, poprzez Odessę i Konstantynopol, do Rzymu, a w Uroczystość Wszystkich Świętych została umieszczona w Bazylice św. Piotra. Dnia 18 V 1924 r. papież przekazał ciało jezuickiemu kościołowi del Gesu.
Po 15 latach od przywiezienia relikwii z Rosji, 17 IV 1938 r., odbyła się w Rzymie długo oczekiwana kanonizacja, dokonana przez Piusa XI. Po niej nastąpił triumfalny pochód ciała-relikwii Andrzeja Boboli do Ojczyzny trasą wiodącą przez Lublanę, Budapeszt, Bratysławę, Ostrawę, Zebrzydowice, Dziedzice i Oświęcim. W sobotę 11 VI 1938 r. relikwie Świętego, umieszczone w srebrno-kryształowej trumnie, przybyły do Krakowa specjalnym pociągiem. Po uroczystościach przywitania na krakowskim dworcu kolejowym, specjalnie udekorowanym barwami narodowymi i papieskimi, ciało Męczennika w uroczystej procesji przeniesiono do Barbakanu. Tam Prezydent miasta i Rada Miejska oraz przedstawiciele licznych organizacji oddali hołd narodowej świętości naznaczonej „stygmatami bohaterstwa”. Następnie na Krakowskim Rynku przed świątynią Mariacką odbyło się uroczyste nabożeństwo, transmitowane przez polskie radio.
Po nabożeństwie wielotysięczna procesja wiernych podążyła do jezuickiego kościoła Serca Jezusowego, udekorowanego przez scenografów Teatru J. Słowackiego. Świątynia, przyozdobiona w prezbiterium specjalnym baldachimem, przyjęła ciało Świętego, które zostało wystawione do publicznej czci. O północy 11 czerwca Mszą pontyfikalną rozpoczęły się uroczystości ku czci bohaterskiego Męczennika za wiarę, które zakończyły się 13 czerwca. W tym czasie chóry śpiewały nowo skomponowane pieśni do św. Andrzeja. Prawie trzydniowa uroczystość zgromadziła nieprzebrane rzesze wiernych. Przed relikwiami Świętego przeszło około 120 tysięcy osób. Modlono się przy jego relikwii, ale także podziwiano dedykowany mu ołtarz w bocznej nawie. Po zabraniu kryształowej trumny z ciałem Świętego w dalszą podróż po Polsce, wierni jeszcze przez 3 dni przybywali tłumnie, aby modlić się w tym miejscu. Jezuici wystawili dla nich mały relikwiarz zawierający kość Świętego, aby pielgrzymi mogli dotknąć go medalikami i różańcami. Na zakończenie obchodów pobytu relikwii św. Andrzeja Boboli w Królewskim Grodzie Mszę świętą odprawił książę siewierski, metropolita krakowski Adam Sapieha. Następnie relikwie odprowadzono na dworzec kolejowy. Stamtąd pojechały do Katowic, a później do Poznania, Kalisza, Łodzi i Warszawy. W stolicy spoczęły w kaplicy jezuitów przy ul. Rakowieckiej 61.
Do pokłosia obchodów pokanonizacyjnych należy zaliczyć decyzję konsulty Kolegium Krakowskiego z 3 IX 1938 r., aby w ołtarzu Andrzeja Boboli umieścić relikwiarz Świętego. Zadecydowano bowiem: W ołtarzu ma być wykuty otwór z drzwiczkami i tam włożone relikwie. Neobarokowy, srebrny skrzynkowy relikwiarz wykonała w 1938 r. Janina Rogalska-Gach z Krakowa (zm. 1977 r.). Został on umieszczony w nastawie ołtarza za pancerną szybą, aby wierni mogli swobodnie widzieć relikwię. Mimo tak solidnego zabezpieczenia, smutkiem zapisał się dzień 30 III 1981 r., kiedy to włamano się do świątyni, rozbito szybę i skradziono cenny relikwiarz zawierający kość świętego. Była to jawna profanacja i utrata narodowej relikwii. Ten haniebny czyn uderzył we wspólnotę wierzących, zadając jej cierpienie. Sprawcy nigdy nie zostali schwytani i ukarani, a cenny relikwiarz przepadł, jak się wydaje, bezpowrotnie.
Jednak wspólnota Kościoła w Polsce znów miała przeżywać radość związaną z tym Świętym. 13 V 2002 r.Kongregacja ds.Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów na prośbę prymasa Polski kard. J. Glempa ustanowiła św. Andrzeja Bobolę, kapłana i męczennika, drugorzędnym patronem Polski. Czczony jest on na równi ze św. Stanisławem Kostką, ustępując splendorem uroczystości liturgicznych tylko Matce Bożej Królowej Polski oraz świętym biskupom-męczennikom Wojciechowi i Stanisławowi. 16 V 2002 r. we wspaniałym nowoczesnym sanktuarium, wzniesionym ku czci Świętego z końcem lat 80. XX w. w Warszawie, odbyło się uroczyste ogłoszenie patronatu św. Andrzeja Boboli.
